blast ne demek?

BLAST (Temel Yerel Hizalama Arama Aracı)

BLAST, Temel Yerel Hizalama Arama Aracı (Basic Local Alignment Search Tool) anlamına gelir. Biyoinformatikte kullanılan ve bir nükleotit veya protein dizisini büyük bir dizi veritabanında karşılaştırarak, sorgu dizisiyle benzerlik gösteren dizileri bulmaya yarayan bir algoritmadır.

Temel İşleyiş Prensibi:

BLAST, bir sorgu dizisini alıp, veritabanındaki dizilerle küçük parçalar (kelimeler) halinde karşılaştırır. Yüksek skorlu eşleşmeler (yani, önemli benzerlik gösteren kelimeler) bulunduğunda, bu eşleşmeler genişletilerek tam dizilerin hizalanması oluşturulur. Bu hizalanmaların istatistiksel anlamlılığı değerlendirilir ve anlamlı eşleşmeler sonuç olarak sunulur.

Kullanım Alanları:

• Dizi Tanımlama: Bilinmeyen bir dizinin ne olduğunu anlamak için kullanılır. Örneğin, yeni izole edilen bir genin hangi gen ailesine ait olduğunu belirlemek için.
• Evrimsel İlişkilerin Belirlenmesi: Farklı türler arasındaki genler veya proteinler arasındaki benzerlikleri karşılaştırarak evrimsel ilişkileri anlamaya yardımcı olur.
• Genom Annotasyonu: Yeni bir genomun analizinde, genlerin ve diğer genomik özelliklerin yerlerini belirlemek için kullanılır.
• Fonksiyonel Analiz: Bir proteinin fonksiyonunu tahmin etmek için, benzer dizilere sahip proteinlerin bilinen fonksiyonlarından yararlanılır.
• Primer Tasarımı: PCR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) için uygun primerler tasarlamak için, hedef dizinin spesifik bölgelerini belirlemede kullanılır.

BLAST Çeşitleri:

BLAST, farklı sorgu ve veritabanı tiplerine uygun çeşitli varyasyonlara sahiptir:

• BLASTN: Nükleotit sorgusu ile nükleotit veritabanını karşılaştırır.
• BLASTP: Protein sorgusu ile protein veritabanını karşılaştırır.
• BLASTX: Nükleotit sorgusunu protein veritabanına karşılaştırmak için önce sorgu dizisini altı olası okuma çerçevesinde protein dizilerine çevirir.
• TBLASTN: Protein sorgusu ile nükleotit veritabanını karşılaştırmak için, önce veritabanındaki nükleotit dizilerini altı olası okuma çerçevesinde protein dizilerine çevirir.
• TBLASTX: Nükleotit sorgusunu nükleotit veritabanına karşılaştırmak için, hem sorgu hem de veritabanı dizilerini altı olası okuma çerçevesinde protein dizilerine çevirir.

Önemli Parametreler:

BLAST sonuçlarını etkileyen çeşitli parametreler vardır. Bunlardan bazıları şunlardır:

• E-değeri (E-value): Rastgele bir eşleşme olasılığını gösterir. Daha düşük E-değerleri, daha anlamlı eşleşmeleri ifade eder.
• Bit Skoru (Bit Score): Hizalamanın kalitesini gösterir. Daha yüksek bit skorları, daha iyi hizalamaları ifade eder.
• Kimlik Yüzdesi (Percent Identity): Hizalanan dizilerdeki özdeş kalıntıların yüzdesini gösterir.
• Kelime Boyutu (Word Size): Eşleşmeleri başlatmak için kullanılan kelimelerin uzunluğunu belirler.

BLAST, biyoinformatik analizlerinde yaygın olarak kullanılan güçlü bir araçtır. Doğru parametreler ve uygun veritabanları ile kullanıldığında, dizilerin analizi ve yorumlanmasında değerli bilgiler sağlar.